Регионом деятельности таможни является город Москва и Московская область. В состав Московской областной таможни входят 29 подразделений, непосредственно осуществляющих процесс таможенного оформления товаров – 20 таможенных постов и 9 отделов таможенного оформления, имеющих свой ведомственный код. На территории региона функционируют 66 складов временного хранения (из них 7 закрытого типа) и 13 таможенных складов.