НИИ ФП работает по направлениям субмикронной технологии с топологическими размерами 0.3-0.1 мкм и нанотехнологии с размерами 300 - 10 нм, мембранной технологии на пленках толщиной до 0.3 мкм, как основы создания разнообразных датчиков и изделий микромеханики, органических полимерных материалов для получения электронных компонентов и других изделий. В структуру НИИ входит создаваемый Исследовательский технологический комплекс с синхротроном - источником синхротронного излучения для решения актуальных задач электроники, медицины и других областей науки. Центр коллективного пользования (ЦКП) "Синхротрон" образован на базе нескольких лабораторий НИИ ФП.