Место было выбрано не случайно: здесь было относительно безлюдно для безопасной закладки бомбы ночью. Кроме того, к лесу подходит несколько местных автодорог, что облегчает отход после минирования. Диверсанты составили подробный план-схему местности. Взрывчатку они изготовили на основе купленного в магазине удобрения из аммиачной селитры, которое используется, в том числе, и в сельском хозяйстве. Время подрыва террористы не выбрали, поскольку само расписание движения поезда давало им большой выбор.
График движения «Сапсана» планировалось размещать на информационных щитах, установленных на платформах по ходу следования. Однако этого не было сделано в целях борьбы с терроризмом, «чтобы не подсказывать террористам время прохождения «Сапсана», сообщил в июне прошлого года и.о. начальника оперативной службы Северо-Западной дирекции организации скоростного сообщения ОЖД Михаил Полянский При этом график начала и окончания движения поезда размещён на сайте РЖД, а также на других, реализующих железнодорожные билеты. Зная время отправления и среднюю скорость движения состава, нетрудно вычислить, когда он будет проходить мимо той или иной станции.
Когда именно ФСБ узнало о планах диверсантов, неизвестно, но «вся подготовка железнодорожного теракта, особенно на ее завершающей стадии, проходила под контролем оперативников ФСБ России». Вскоре после спецоперации Александр Бортников доложил президенту России Дмитрию Медведеву о предотвращении крупного теракта на «одном из объектов транспорта в Московском регионе». Как пояснил Бортников, у арестованных было изъято взрывное устройство, эквивалентное 10 кг тротила, огнестрельное оружие, а также карта-схема объекта, который они собирались подорвать. Задержанные, по словам директора ФСБ, уже начали давать признательные показания.