Строительство дополнительных 5-го и 6-го путей Алабушево до Москвы разделяется на несколько этапов и участков. Первым обозначен участок Алабушево-Крюково-Малино, последними — ТПУ «Рижская» и «Ленинградская», но очередность строительства может меняться или идти одновременно. Это целый комплекс работ, подразумевающий, кроме прокладки самих путей с тупиками и соединительными линиями — заделом под ВСМ, — снос зданий, строительство нескольких железнодорожных путепроводов, насыпей, пешеходных переходов через железную дорогу, вынос и строительство коммуникаций и прочее. Местами эти работы уже идут.

В ходе реконструкции — строительства новых путей и платформ — станция Крюково смещается восточнее, в сторону старого города. Новые пути прокладывают со стороны нового города. Тем не менее, там нужно освободить место для путевого развития. Уже снесли гаражи ГСК «Афганистан» на Новокрюковской улице, на очереди ГСК «Соколенок» на Заводской улице и еще несколько нежилых построек на Заводской, расположенных в полосе отвода или охранной зоне Октябрьской железной дороги. Судя по схеме прохождения путей, снесут и несколько построек в Алабушево у путей. В пресс-службе РЖД на вопросы о сносах зданий отвечают, что конкретные адреса всё ещё обсуждаются.

В проекте заложено строительство эстакад, путепроводов и тоннелей для разъезда поездов и пересечения преград. Между Крюково и Алабушево построят эстакаду над еще не существующей автомобильной дорогой, связывающий старую и новую части Зеленограда от улицы Конструктора Лукина до 14 микрорайона. Эта дорога с тоннелем под ОЖД сейчас проектируется.

Также для разъезда поездов построят эстакаду между Малино и Фирсановской, три моста через ручьи на участке между Новоподрезково и Химками, тоннель возле Химок, мост через канал имени Москвы, эстакаду между Ховрино и Грачевской (с ответвлением — соединительной линией между ОЖД и МЦК), мост через реку Лихоборка и другие. А кроме того, построят тоннель возле депо Крюково (Новокрюковская улица) для въезда туда поездов с новых путей.

Остальное в проекте — реконструкция станций и сопутствующие работы. Для строительства потребуются технологические окна, но «без значительных перерывов в движении поездов», говорится в документации. Вдоль новых путей планируется поставить сплошное антивандальное ограждение, а местами и шумозащитные экраны.

Для перспективных остановок поездов высокоскоростной магистрали заложено строительство длинных платформ — 520 метров. Это нужно для сдвоенных «Сапсанов», в которых 20 вагонов. Стандартная длина платформ только для пригородных поездов — до 300 метров, в остальных случаях по ГОСТу допустимо 500 и больше. Такую платформу могут построить в Крюково напротив корпуса 1824 — там, где будет остановка поездов ВСМ.

Выполнить весь комплекс работ планируется в 2022—2023 годах. Они оцениваются в 20 с лишним миллиардов рублей. Еще более двух млрд выделено на реконструкцию станции Крюково, развитие станции оборота крюковского депо, строительство эстакады в Малино и строительства в Ховрино и Раменском. МЦД-3 и участок ВСМ от Москвы до Алабушево — это разные титулы работ, но проекты взаимосвязаны.

Летом на строительство дополнительных путей, платформ и конкорсов на станциях от Москвы до Алабушево РЖД уже выделила три миллиарда.

В середине ноября появилась противоречивая информация о судьбе высокоскоростной магистрали между Москвой и Петербургом. По проекту, она пойдет по территориям Московской, Тверской, Новгородской и Ленинградской областей, расчетное время в пути между Москвой и Питером — 2,5 часа.

«Коммерсант» со ссылкой на свои источники написал, что в правительстве обсуждают отказ от её строительства. Чиновники рекомендовали РЖД вновь оценить проект и сделать вместо ВСМ выделенный грузовой ход. Один из экспертов «Коммерсанта» сказал, что отказ от ВСМ надо приветствовать, потому что это слишком дорогой проект. А потребности пассажирского движения между двумя городами, по его мнению, целиком закрывают «Сапсаны».

"Отмена строительства ВСМ будет означать невозможность организовать на московском направлении активное движение пригородных электричек и невозможность возвратить грузовое движение в том объёме, которое было до начала «эры Сапсанов»", прокомментировала РБК эту идею главный экономист Лаборатории градопланирования им. М. Л. Петровича Людмила Истомина.

В свою очередь, на форуме «Транспортная неделя» глава Минтранса РФ Виталий Савельев сообщил, что окончательное решение по ВСМ ещё не принято. А вице-премьер Марат Хуснуллин там же заявил, что строительство магистрали не отменяется, но будет поэтапным, потому что не хватает денег. Сейчас актуальны железнодорожные входы и выходы из городов. Вход (выход) — это и есть участок от Алабушево до Ленинградского вокзала с московской стороны трассы. С питерской это Санкт-Петербург — Обухово. «Их надо делать не зависимо ни от чего. Они работают например, на пригородное железнодорожное сообщение», сказал Хуснуллин в эфире телеканала «Россия-24». Строительство всей остальной трассы — основного хода ВСМ — пока под вопросом. «Соединять дальше будем, если будут возможности финансовые, воля и политическое решение», пояснил вице-премьер.